發酵的意義是將包裹可可豆的果肉除去便於分離,並減少可可豆的雜味,產生巧克力樣的芳香風味。發酵是利用天然酵母菌及其他細菌而產生的,將可可豆及外包果肉挖下放置於發酵桶內,任其自然發酵,發酵期間長短與可可品種及季節有關,短者3~4天,長者6~12天。